이끼도롱뇽은 2005년 처음 학회지에 발표된 종으로 한국고유종이며 아시아에서의 유일한 미주도롱 뇽(Plethodontid)으로 알려져 있다. 그러나 그 독특함과 중요성이 상당히 인정됨에도 불구하고 이끼 도롱뇽에 대한 연구는 전반적으로 매우 미진한 실정이다. 특히 국내의 이끼도롱뇽 개체군에 초점을 맞춘 집단유전학적 연구는 전무한 상태이다. 이에 본 연구에서는, 이끼도롱뇽의 유전적 다양성 및 집 단유전학적 구조를 파악하고자 처음으로 10개의 새로운 microsatellite marker를 개발하였고, 분포 지역으로 알려진 전국 10개 지역에서 142개체를 채집하여 마커분석을 실시하였다. 채집된 개체는 DNA를 추출한 뒤 개발된 각 marker를 이용하여 해당하는 microsatellite 영역을 증폭하고, genotyping을 실시하여 이끼도롱뇽의 유전적 다양성 및 집단 구조와 집단 간 유전적 분화 정도를 분 석하였다. 그 결과, 이형접합자 빈도값은 비교적 높은 수준으로 나타났으며, 개체군 간의 유전적 분화 정도(Fst)도 비교적 높은 것으로 측정되었다. AMOVA와 PCoA, STRUCTURE 분석 결과에서도 일부 집단에서 확연한 유전적 차이를 보이는 집단 구조가 확인되었다. 이러한 집단 구조 혹은 집단 간의 분화 양상은 병목현상과 유전적 부동 등 다양한 원인이 작용했을 것으로 보이며, 집단 구조에 대한 지리적 혹은 환경적 차이도 규명할 필요가 있을 것으로 사료된다.